株式の譲渡取引㉕－税制非適格ストックオプションの行使により取得した株式を譲渡した場合の課税関係を整理せずに実務を行っていないか？
Q 税制非適格ストックオプションの行使により取得した株式を譲渡する際の課税について教えてくれますか？
A 税制非適格ストックオプションでは、株式売却時には「株式売却価格 – 権利行使時の株式の時価」が譲渡所得として課税されます。
解説
税制非適格ストックオプションの行使により取得した株式を譲渡した場合、権利行使時に「権利行使時の株式の時価 – 権利行使価額」が給与所得として課税されていますので、株式売却時には「株式売却価格 – 権利行使時の株式の時価」が、株式の譲渡所得として申告分離課税（※）となります（租税特別措置法第37条の10第1項、第2項第1号、租税特別措置法第37条の11第1項、第2項）。
※税率は20.315%（所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%）
租税特別措置法第37条の10第1項、第2項第1号（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）
第三十七条の十 居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、平成二十八年一月一日以後に一般株式等（株式等のうち次条第二項に規定する上場株式等以外のものをいう。以下この条において同じ。）の譲渡（金融商品取引法第二十八条第八項第三号イに掲げる取引（第三十七条の十一の二第二項において「有価証券先物取引」という。）の方法により行うもの並びに法人の自己の株式又は出資の第三項第五号に規定する取得及び公社債の買入れの方法による償還に係るものを除く。以下この項及び次条第一項において同じ。）をした場合には、当該一般株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（所得税法第四十一条の二の規定に該当する事業所得及び雑所得並びに第三十二条第二項の規定に該当する譲渡所得を除く。第三項及び第四項において「一般株式等に係る譲渡所得等」という。）については、同法第二十二条及び第八十九条並びに第百六十五条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該一般株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項において「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額（一般株式等に係る譲渡所得等の金額（第六項第五号の規定により読み替えられた同法第七十二条から第八十七条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額）をいう。）の百分の十五に相当する金額に相当する所得税を課する。この場合において、一般株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかつたものとみなす。
２ この条において「株式等」とは、次に掲げるもの（外国法人に係るものを含むものとし、ゴルフ場その他の施設の利用に関する権利に類するものとして政令で定める株式又は出資者の持分を除く。）をいう。
一 株式（株主又は投資主（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第十六項に規定する投資主をいう。）となる権利、株式の割当てを受ける権利、新株予約権（同条第十七項に規定する新投資口予約権を含む。以下この号において同じ。）及び新株予約権の割当てを受ける権利を含む。）
租税特別措置法第37条の11第1項、第2項（上場株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）
第三十七条の十一 居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、平成二十八年一月一日以後に上場株式等の譲渡をした場合には、当該上場株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（所得税法第四十一条の二の規定に該当する事業所得及び雑所得並びに第三十二条第二項の規定に該当する譲渡所得を除く。第三項及び第四項において「上場株式等に係る譲渡所得等」という。）については、同法第二十二条及び第八十九条並びに第百六十五条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該上場株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項において「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（上場株式等に係る譲渡所得等の金額（第六項において準用する前条第六項第五号の規定により読み替えられた同法第七十二条から第八十七条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額）をいう。）の百分の十五に相当する金額に相当する所得税を課する。この場合において、上場株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかつたものとみなす。
２ この条において「上場株式等」とは、株式等（前条第二項に規定する株式等をいう。第一号において同じ。）のうち次に掲げるものをいう。
所得税基本通達23～35共-9 （株式等を取得する権利の価額）
令第84条第3項第1号及び第2号に掲げる権利の行使の日又は同項第3号に掲げる権利に基づく払込み若しくは給付の期日（払込み又は給付の期間の定めがある場合には、当該払込み又は給付をした日。以下この項において「権利行使日等」という。）における同条第3項本文の株式の価額は、次に掲げる場合に応じ、それぞれ次による。（昭49直所2-23、平10課法8-2、課所4-5、平11課所4-1、平14課個2-5、課資3-3、課法8-3、課審3-118、平14課個2-22、課資3-5、課法8-10、課審3-197、平17課個2-23、課資3-5、課法8-6、課審4-113、平18課個2-18、課資3-10、課審4-114、平19課個2-11、課資3-1、課法9-5、課審4-26、平26課個2-9、課審5-14、平28課個2-22、課審5-18、令元課個2-22、課法11-3、課審5-12、令2課個2－12、課法11－3、課審5－6改正）
（1） これらの権利の行使により取得する株式が金融商品取引所に上場されている場合 当該株式につき金融商品取引法第130条の規定により公表された最終の価格（同日に最終の価格がない場合には、同日前の同日に最も近い日における最終の価格とし、2以上の金融商品取引所に同一の区分に属する最終の価格がある場合には、当該価格が最も高い金融商品取引所の価格とする。以下この項において同じ。）とする。
（2） これらの権利の行使により取得する株式に係る旧株が金融商品取引所に上場されている場合において、当該株式が上場されていないとき 当該旧株の最終の価格を基準として当該株式につき合理的に計算した価額とする。
（3） （1）の株式及び（2）の旧株が金融商品取引所に上場されていない場合において、当該株式又は当該旧株につき気配相場の価格があるとき （1）又は（2）の最終の価格を気配相場の価格と読み替えて（1）又は（2）により求めた価額とする。
（4） （1）から（3）までに掲げる場合以外の場合 次に掲げる区分に応じ、それぞれ次に定める価額とする。
イ 売買実例のあるもの 最近において売買の行われたもののうち適正と認められる価額
ロ 公開途上にある株式で、当該株式の上場又は登録に際して株式の公募又は売出し（以下この項において「公募等」という。）が行われるもの（イに該当するものを除く。） 金融商品取引所又は日本証券業協会の内規によって行われるブックビルディング方式又は競争入札方式のいずれかの方式により決定される公募等の価格等を参酌して通常取引されると認められる価額
（注） 公開途上にある株式とは、金融商品取引所が株式の上場を承認したことを明らかにした日から上場の日の前日までのその株式及び日本証券業協会が株式を登録銘柄として登録することを明らかにした日から登録の日の前日までのその株式をいう。
ハ 売買実例のないものでその株式の発行法人と事業の種類、規模、収益の状況等が類似する他の法人の株式の価額があるもの 当該価額に比準して推定した価額
ニ イからハまでに該当しないもの 権利行使日等又は権利行使日等に最も近い日におけるその株式の発行法人の1株又は1口当たりの純資産価額等を参酌して通常取引されると認められる価額
（注） この取扱いは、令第354条第2項((新株予約権の行使に関する調書))に規定する「当該新株予約権を発行又は割当てをした株式会社の株式の1株当たりの価額」について準用する。
国税庁タックスアンサー No.1543 税制非適格ストック・オプションに係る課税関係について
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1543.htm