合同会社のメリットと留意事項⑩－合同会社持分の売却は課税売上割合の計算において、譲渡対価の全額が分母に加算される点を見落としていないか？
Q当社の100%子会社である合同会社持分を売却しますが、税額計算における留意点があれば教えていただけますか？
A消費税の課税売上割合の計算において、合同会社持分の譲渡対価の全額を分母に含める必要があるため、課税売上割合の低下に留意が必要です。
解説
合同会社持分は、消費税の非課税対象となる有価証券に類するものの範囲に含まれます（消費税法施行令第9条第1項第2号）。課税売上割合の計算において、株式の譲渡については「譲渡対価の5％」を非課税売上として分母に加算するだけですが、合同会社持分の譲渡については、「譲渡対価の全額」が分母に加算することになります（消費税法施行令第48条第5項）。これにより、課税売上割合が減少し、仕入税額控除の額が小さくなることで、消費税の納税額が増加する可能性がある点に留意が必要です。
消費税法施行令第9条（有価証券に類するものの範囲等）
法別表第一第二号に規定する有価証券に類するものとして政令で定めるものは、次に掲げるものとする。
４ 法別表第一第二号に規定する支払手段に類するものとして政令で定めるものは、資金決済に関する法律（平成二十一年法律第五十九号）第二条第五項（定義）に規定する暗号資産及び国際通貨基金協定第十五条に規定する特別引出権とする。
消費税法施行令第48条第5項（課税売上割合の計算方法）
５ 事業者が法別表第一第二号に規定する有価証券（第九条第二項に規定するゴルフ場利用株式等を除く。）並びに同条第一項第一号及び第三号に掲げる権利（以下この項において「有価証券等」という。）の譲渡をした場合（当該譲渡が第二項第三号に掲げる現先取引債券等の譲渡又は第三項に規定する現先取引債券等の売戻しに該当する場合を除く。）又は同条第一項第四号に掲げる金銭債権（資産の譲渡等を行つた者が当該資産の譲渡等の対価として取得したものを除く。以下この項において同じ。）の譲渡をした場合には、当該譲渡に係る第一項第一号に規定する資産の譲渡等の対価の額は、当該有価証券等又は金銭債権の譲渡の対価の額の百分の五に相当する金額とする。
国税庁HP（非課税となる有価証券の範囲と課税売上割合の関係）
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/17/09.htm